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symmetrize_pymatgen.py
symmetrize_pymatgen.py
 1"""
 2概要: CIFファイルから結晶構造を読み込み、pymatgenを用いて対称化し、結果をCIFファイルとして出力するスクリプト。
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 4詳細説明:
 5本スクリプトは、pymatgenライブラリのSpacegroupAnalyzerを使用して、入力されたCIFファイルから結晶構造を読み込み、
 6その構造を高い対称性を持つ形式に変換（対称化）します。対称化の際には、symprecパラメータによって
 7原子座標や格子定数の許容誤差を調整できます。
 8対称化された構造は、新しいCIFファイルとして指定されたパスに保存されます。
 9コマンドライン引数として、入力CIFファイルのパス (infile)、出力CIFファイルのパス (outfile)、
10対称性の許容誤差 (prec)、終了時の一時停止オプション (pause) を指定できます。
11outfile が指定されない場合は infile に基づいて自動生成され、prec のデフォルト値は 1.0e-3、
12pause のデフォルト値は 0 です。
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14関連リンク:
15    symmetrize_pymatgen_usage
16"""
17import os
18import sys
19from pymatgen.core.structure import Structure
20from pymatgen.symmetry.analyzer import SpacegroupAnalyzer
21from pymatgen.io.cif import CifWriter, CifParser
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24infile = None
25prec = 1.0e-3
26pause = 0
27
28if __name__ == "__main__":
29    argv = sys.argv
30    narg = len(argv)
31    if narg >= 2:
32        infile = argv[1]
33    if narg >= 3:
34        outfile = argv[2]
35    elif infile is not None:
36        dir_path = os.path.dirname(infile)
37        filebody, ext = os.path.splitext(infile)
38        outfile = os.path.join(dir_path, f"{filebody}-symmetrized.cif")
39    if narg >= 4:
40        prec = float(argv[3])
41    if narg >= 5:
42        pause = int(argv[4])
43
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45def main():
46    """
47    概要: メイン処理を実行し、結晶構造の対称化とファイル出力を行います。
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49    詳細説明:
50        コマンドライン引数から設定された infile、outfile、prec の値を出力し、
51        指定された infile から結晶構造を読み込みます。
52        pymatgen.symmetry.analyzer.SpacegroupAnalyzer を使用して構造を対称化し、
53        結果として得られた対称化された構造を outfile にCIF形式で保存します。
54        pause が 1 に設定されている場合、スクリプト終了前にユーザーからの入力を待ちます。
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56    戻り値:
57        :returns: なし。この関数は直接値を返しません。
58        :rtype: None
59    """
60    print()
61    print(f"infile: {infile}")
62    print(f"outfile: {outfile}")
63    print(f"prec: {prec}")
64
65    struct = Structure.from_file(infile, primitive = False)
66    print()
67    print("input structure:")
68    print(struct)
69
70    symmetry_analyzer = SpacegroupAnalyzer(struct, symprec = prec) #, angle_tolerance = 5.0)
71    symmetrized_structure = symmetry_analyzer.get_symmetrized_structure()
72    print()
73    print("symmetrized_structure:")
74    print(symmetrized_structure)
75
76    print()
77    print(f"Save the symmetrized structure to [{outfile}]")
78    writer = CifWriter(symmetrized_structure, symprec = prec) #, angle_tolerance = 5.0)
79    writer.write_file(outfile)
80
81    if pause: input("\nPress ENTER to terminate>>\n")
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83
84if __name__ == '__MAIN__':
85    main()