symmetrize_pymatgen プログラム仕様
概要: CIFファイルから結晶構造を読み込み、pymatgenを用いて対称化し、結果をCIFファイルとして出力するスクリプト。
詳細説明: 本スクリプトは、pymatgenライブラリのSpacegroupAnalyzerを使用して、入力されたCIFファイルから結晶構造を読み込み、 その構造を高い対称性を持つ形式に変換（対称化）します。対称化の際には、symprecパラメータによって 原子座標や格子定数の許容誤差を調整できます。 対称化された構造は、新しいCIFファイルとして指定されたパスに保存されます。 コマンドライン引数により、入力ファイル、出力ファイル、symprec値、および終了時の一時停止オプションを設定できます。
関連リンク: symmetrize_pymatgen.py 技術ドキュメント
- param argv[1]:
infile (str) 対称化する結晶構造が記述された入力CIFファイルのパス。
- param argv[2]:
outfile (str, optional) 対称化された構造を保存する出力CIFファイルのパス。 指定されない場合、入力ファイル名に基づいて自動生成されます（例: "input.cif" -> "input-symmetrized.cif"）。
- param argv[3]:
prec (float, optional) 対称性を検出するための許容誤差 (symprec)。PymatgenのSpacegroupAnalyzerに渡されます。 デフォルト値は 1.0e-3 です。
- param argv[4]:
pause (int, optional) スクリプト終了時にユーザーがEnterキーを押すまで一時停止するかどうかを制御します。 1を設定すると一時停止し、0を設定すると一時停止しません。デフォルト値は 0 です。
- returns:
None このスクリプトは直接値を返しませんが、指定されたパスに新しいCIFファイルを生成します。