make_md_history プログラム仕様

make_md_history.py

概要: VASPの分子動力学(MD)計算出力から履歴データファイルを生成する。詳細説明:

VASPのOUTCARファイルを解析し、MD計算中に得られた結晶構造の履歴、セルパラメータ、エネルギー、温度、平均二乗変位(MSD)などの情報を抽出し、 CIFファイルおよびCSVファイルとして出力します。 MSDの計算モードとして、標準のMSD (初期構造からの変位) と、積分MSD (直前の構造からの変位の累積) を選択可能です。初期構造と最終構造のCIFファイルも生成されます。

関連リンク:: make_md_history.py 技術ドキュメント

VASP.make_md_history.main()[ソース]

概要: スクリプトのメインエントリポイント。詳細説明:

コマンドライン引数を解析し、グローバル変数を更新します。

ログファイルを設定し、標準出力とログファイルに両方出力されるようにリダイレクトします。

`make_history`関数を呼び出して、履歴データ生成処理を実行します。

戻り値:: None

VASP.make_md_history.make_history()[ソース]

概要: VASPのMD計算結果から、構造履歴のCIFファイルとCSVファイルを生成する。詳細説明:

VASPのOUTCAR、INCAR、POSCAR、CONTCARファイルを読み込み、以下の処理を行います。 1. 初期構造と最終構造をCIFファイルとして出力します。 2. OUTCARから各ステップの結晶構造、セルパラメータ、温度、エネルギーを抽出します。 3. 各ステップで原子の平均二乗変位(MSD)を計算し、CSVファイルに書き出します。

MSDの計算モードは`mode`グローバル変数('msd'または'imsd')に依存します。 - 'msd': 各原子の初期位置からの変位の二乗平均。 - 'imsd': 各原子の直前ステップからの変位の二乗を累積したもの。

エラーが発生した場合は、アプリケーションを終了します。

戻り値:: None

VASP.make_md_history.updatevars()[ソース]: 概要: コマンドライン引数に基づいてグローバル変数を更新する。詳細説明:

`sys.argv`からコマンドライン引数を読み込み、グローバル変数`mode`と`CAR_path`にそれぞれ1番目と2番目の引数を設定します。引数が指定されていない場合は、デフォルト値が維持されます。

VASP.make_md_history.usage()[ソース]: 概要: スクリプトの正しい使用方法を標準出力に表示する。詳細説明:

コマンドライン引数として指定可能な`mode`と`outcar_path`の例を示し、それぞれの引数の意味を説明します。