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Fhkl.py
Fhkl.py
1"""
2X線回折に関連する原子散乱因子、異常散乱因子、結晶構造因子の計算および表示を行うスクリプト。
3
4このスクリプトは、指定された原子の原子散乱因子 (ASF) や異常散乱因子スペクトルのプロット、
5またはCIFファイルから読み込んだ結晶の構造因子 (Fhkl) の計算と表示、
6さらには結晶構造情報の表示を行います。
7モードはコマンドライン引数またはスクリプト内のグローバル変数で制御されます。
8
9関連リンク:
10:doc:`Fhkl_usage`
11"""
12import os
13import sys
14import shutil
15import glob
16import csv
17from itertools import product
18import numpy as np
19from numpy import exp, log, sin, cos, tan, arcsin, arccos, arctan, pi
20from scipy.interpolate import interp1d
21from pprint import pprint
22from matplotlib import pyplot as plt
23
24
25from tklib.tkfile import tkFile
26from tklib.tkutils import IsDir, IsFile
27from tklib.tkutils import terminate, pint, pfloat, getarg, getintarg, getfloatarg
28from tklib.tkcrystal.tkcif import tkCIF
29from tklib.tkcrystal.tkcrystal import tkCrystal
30from tklib.tkcrystal.tkatomtype import tkAtomType
31
32
33#================================
34# global parameters
35#================================
36debug = 0
37
38# mode: 'asf', 'anom', 'F', 'inf'
39# asf : atomic form factor for target_atom
40# anom: anomalous scattering factor for target_atom
41# F : crystal structure factor for the CIF specified by ciffile
42# inf : show crystal structure information for the CIF specified by ciffile
43mode = 'asf'
44#mode = 'anom'
45#mode = 'F'
46#mode = 'inf'
47
48# X-ray
49target_atom = 'Ni'
50xray_source = 'CuKa1'
51
52wavelength = {
53 'MoKa1': 0.070926 # nm
54 , 'MoKa2': 0.071354
55 , 'MoKa' : 0.071069
56 , 'CuKa1': 0.15405
57 , 'CuKa2': 0.15443
58 , 'CuKa' : 0.15418
59 , 'CuKb1': 0.13810
60 , 'CuKb2': 0.13922
61 , 'CuKb' : 0.13847
62 }
63
64# CIF file configuration
65ciffile = 'test.cif'
66
67single = 1
68findvalidstructure = 1
69
70# scattering vector (s = sin Q / lambda) plot range
71smin = 0.0
72smax = 20.0
73ns = 31
74
75# s value to plot asf(s)
76s_value = 0.1
77
78# Wavelength plot range for anomolous scattering factor
79WLmin = None
80WLmax = None
81
82# wavelength to calculate atomic form factor and anomolous scattering factor
83wl_value = None
84
85# Miller index to calculate Fhkl
86hkl = [5, 1, 3]
87#hkl = [-9, -1, 2]
88
89# graph configuration
90figuresize = (8, 4)
91scale = 'linear'
92#scale = 'log'
93
94
95#=============================
96# Treat argments
97#=============================
98def usage():
99 """
100 スクリプトの利用方法とコマンドライン引数の例を表示します。
101
102 各モード (`asf`, `anom`, `F`, `inf`) の使用例と、それに続く引数のフォーマットを標準出力に表示します。
103 """
104 global mode
105 global ciffile
106 global target_atom, xray_source
107 global smin, smax, ns
108 global hkl
109 global scale
110
111 print("")
112 print("Usage:")
113 print(" (Ia) python {} asf (target_atom xray_source smin smax ns s_value plot_scale".format(sys.argv[0]))
114 print(" plot atomic form factor function for target_atom")
115 print(" ex: python {} {} {} {} {} {} {} {} {}"
116 .format(sys.argv[0], 'asf', target_atom, xray_source, smin, smax, ns, s_value, scale))
117 print(" (Ib) python {} anom (target_atom wl_min wl_max wl_value wl scale)".format(sys.argv[0]))
118 print(" plot anomalous scattering factor spectrum for target_atom")
119 print(" ex: python {} {} {} {} {} {} {}"
120 .format(sys.argv[0], 'anom', target_atom, WLmin, WLmax, wl_value, scale))
121 print(" (IIa) python {} F CIF_file (xray_source h k l)".format(sys.argv[0]))
122 print(" calculate crystal structure factor for the CIF specified by ciffile")
123 print(" plot_scale: 'linear', 'log'")
124 print(" ex: python {} {} {} {} {} {}"
125 .format(sys.argv[0], ciffile, xray_source, hkl[0], hkl[1], hkl[2]))
126 print(" (IIb) python {} inf CIF_file".format(sys.argv[0]))
127 print(" show crystal structure information for the CIF specified by ciffile")
128 print(" ex: python {} {}".format(sys.argv[0], ciffile))
129
130def updatevars():
131 """
132 コマンドライン引数に基づいてグローバル変数を更新します。
133
134 `sys.argv` から引数を解析し、`mode`, `ciffile`, `target_atom`, `xray_source`,
135 `smin`, `smax`, `ns`, `s_value`, `WLmin`, `WLmax`, `wl_value`, `hkl`, `scale`
136 などのグローバル変数の値を上書きします。
137 無効なモードが指定された場合はエラーメッセージを表示し、終了します。
138 """
139 global mode
140 global ciffile
141 global target_atom, xray_source
142 global smin, smax, ns, s_value
143 global WLmin, WLmax, wl_value
144 global scale
145
146 argv = sys.argv
147# if len(argv) == 1:
148# terminate(usage = usage)
149
150 mode = getarg(1, mode)
151 if mode == 'asf':
152 target_atom = getarg (2, target_atom)
153 xray_source = getarg (3, xray_source)
154 smin = getfloatarg(4, smin)
155 smax = getfloatarg(5, smax)
156 ns = getintarg (6, ns)
157 s_value = getfloatarg(7, s_value)
158 scale = getarg (8, scale)
159 elif mode == 'anom':
160 target_atom = getarg (2, target_atom)
161 WLmin = getfloatarg(3, WLmin)
162 WLmax = getfloatarg(4, WLmax)
163 wl_value = getfloatarg(5, wl_value)
164 scale = getarg (6, scale)
165 elif mode == 'F':
166 ciffile = getarg (2, ciffile)
167 xray_source = getarg (3, xray_source)
168 hkl[0] = getintarg (4, hkl[0])
169 hkl[1] = getintarg (5, hkl[1])
170 hkl[2] = getintarg (6, hkl[2])
171 elif mode == 'inf':
172 ciffile = getarg(2, ciffile)
173 else:
174 terminate("Error: Invalide mode [{}]".format(mode), usage = usage)
175
176def cal_Fhkl(cry: tkCrystal, xray_source: str | float) -> list[dict]:
177 """
178 指定された結晶構造とX線源に基づいて、ミラー指数範囲内の結晶構造因子を計算します。
179
180 hmin から hmax、kmin から kmax、lmin から lmax の範囲で全てのミラー指数について
181 回折角、散乱ベクトル、2θ角、原子散乱因子、そして結晶構造因子 Fhkl を計算します。
182 計算結果は2θ角でソートされて返されます。
183
184 :param cry: tkCrystal 結晶構造情報を持つtkCrystalオブジェクト。
185 :param xray_source: str | float X線源の名前（例: 'CuKa1'）または波長（nm）。
186 :returns: list[dict] 各ミラー指数に対する回折情報と結晶構造因子を含む辞書のリスト。
187 各辞書は'hkl' (tuple), 'dhkl' (float), 'Q2' (float), 'Fhkl' (complex) のキーを持ちます。
188 """
189 hmin, hmax = -4, 4
190 kmin, kmax = -4, 4
191 lmin, lmax = -4, 4
192
193 print("X-ray source:", xray_source)
194 wl = pfloat(xray_source, defval = None)
195 if wl is None or wl == 0.0:
196 wl = wavelength[xray_source]
197 else:
198 xray_source = wl
199 print(" wavelength: {} nm".format(wl))
200
201 AtomTypes = cry.AtomTypeList()
202 AtomSites = cry.ExpandedAtomSiteList()
203
204 inf = []
205 print("")
206 print("Crystal structure factors:")
207 for h, k, l in product(range(hmin, hmax+1), range(kmin, kmax+1), range(lmin, lmax+1)):
208 dhkl, sB, Q2 = cry.DiffractionAngle(wl * 10.0, h, k, l) # angstrom in crystal object
209 if dhkl is None or Q2 is None: continue
210
211# print("Diffraction for ({} {} {})".format(*hkl))
212# print(" d({} {} {}) = {:10.6g} A".format(*hkl, dhkl))
213# print(" s_B = {:10.6g} nm^-1".format(sB))
214# print(" 2Q_B = {:10.6g} rad = {:10.6g} deg".format(Q2, Q2 * 180.0 / pi))
215# print(" Atomic form factors at s_B:")
216 for i in range(len(AtomTypes)):
217 atom = AtomTypes[i]
218 atomname = atom.AtomTypeOnly()
219 asf = atom.asf(sB)
220# print(" {:2}: asf(sB) = {:10.6g}".format(atomname, asf))
221
222 Fhkl = cry.Fhkl(sB, h, k, l)
223 inf.append({
224 'hkl' : (h, k, l),
225 'dhkl': dhkl,
226 'Q2' : Q2 * 180.0 / pi,
227 'Fhkl': Fhkl,
228 })
229
230 sorted_inf = sorted(inf, key=lambda x: x['Q2'])
231 return sorted_inf
232
233def cal_Fhkl_single(cry: tkCrystal, hkl: list[int], xray_source: str | float) -> None:
234 """
235 指定されたミラー指数とX線源について、結晶構造因子を計算しプロットします。
236
237 特定のミラー指数 `hkl` に対して回折角、散乱ベクトル、2θ角、そして結晶構造因子 `Fhkl` を計算します。
238 また、指定された散乱ベクトル範囲で各原子種の原子散乱因子を計算し、グラフとして表示します。
239 計算された `Fhkl` の値も標準出力に出力されます。
240
241 :param cry: tkCrystal 結晶構造情報を持つtkCrystalオブジェクト。
242 :param hkl: list[int] 計算対象のミラー指数 `[h, k, l]`。
243 :param xray_source: str | float X線源の名前（例: 'CuKa1'）または波長（nm）。
244 :returns: None 計算結果を標準出力に表示し、原子散乱因子のグラフをプロットしてユーザーの入力を待ちます。
245 """
246 print("X-ray source:", xray_source)
247 wl = pfloat(xray_source, defval = None)
248 if wl is None or wl == 0.0:
249 wl = wavelength[xray_source]
250 else:
251 xray_source = wl
252 print(" wavelength: {} nm".format(wl))
253 print("h k l = {} {} {}".format(hkl[0], hkl[1], hkl[2]))
254
255 AtomTypes = cry.AtomTypeList()
256 AtomSites = cry.ExpandedAtomSiteList()
257
258 print("")
259 dhkl, sB, Q2 = cry.DiffractionAngle(wl * 10.0, *hkl) # angstrom in crystal object
260 print("Diffraction for ({} {} {})".format(*hkl))
261 print(" d({} {} {}) = {:10.6g} A".format(*hkl, dhkl))
262 print(" s_B = {:10.6g} nm^-1".format(sB))
263 print(" 2Q_B = {:10.6g} rad = {:10.6g} deg".format(Q2, Q2 * 180.0 / pi))
264 print(" Atomic form factors at s_B:")
265 for i in range(len(AtomTypes)):
266 atom = AtomTypes[i]
267 atomname = atom.AtomTypeOnly()
268 asf = atom.asf(sB)
269 print(" {:2}: asf(sB) = {:10.6g}".format(atomname, asf))
270
271 Fhkl = cry.Fhkl(sB, *hkl)
272 print(" F({} {} {}) = {:10.6g}".format(*hkl, Fhkl))
273
274 print("")
275 print("Plot atomic form factor:")
276 sstep = (smax - smin) / (ns - 1)
277 print(" plot range: s = sin(Q) / wl = {} to {} at {} nm^-1 step, {} points".format(smin, smax, sstep, ns))
278
279 xs = [smin + i * sstep for i in range(ns)]
280 yfs = []
281 yfsB = []
282 for i in range(len(AtomTypes)):
283 at = AtomTypes[i]
284 yfsB.append(at.asf(sB))
285 print("")
286 print("{:8}\t{:12}".format("s=sin(Q)/wl (nm^-1)", "f(s)"))
287 _fs = []
288 for i in range(ns):
289 s = xs[i]
290 fs = at.asf(s)
291 _fs.append(fs)
292 print("{:8.4f}\t{:12.6g}".format(s, fs))
293 yfs.append(_fs)
294
295 print("")
296 print("Plot")
297
298#=============================
299# Plot graphs
300#=============================
301 fig = plt.figure(figsize = figuresize)
302
303 ax1 = fig.add_subplot(1, 2, 1)
304
305 for i in range(len(AtomTypes)):
306 at = AtomTypes[i]
307 name = at.AtomType()
308 ax1.plot(xs, np.array(yfs[i]).real, label = name, linewidth = 0.5)
309 ax1.plot(sB, yfsB[i].real, linestyle = 'none', marker = 'o')
310 ax1.set_xlim([smin, smax])
311 ylim = ax1.get_ylim()
312 ax1.set_ylim([0.0, ylim[1]])
313 ax1.set_xlabel("s = sin $ \Theta / \lambda$ (nm$^{-1}$)")
314 ax1.set_ylabel("real part of $f(s)$")
315 ax1.set_title('atomic form factor')
316 ax1.legend()
317 if scale == 'log':
318 ax1.set_yscale('log')
319 plt.tight_layout()
320
321 plt.pause(0.1)
322
323 print("")
324 print("Press ENTER to exit>>", end = '')
325 input()
326
327 terminate(usage = usage)
328
329def exec_Fhkl() -> None:
330 """
331 CIFファイルから結晶構造を読み込み、指定されたミラー指数に対する結晶構造因子を計算し表示します。
332
333 グローバル変数 `ciffile`, `xray_source`, `hkl` を使用して、CIFファイルを解析し、
334 結晶構造情報を取得します。その後、`cal_Fhkl_single` 関数を呼び出して
335 結晶構造因子を計算し、結果を標準出力に表示し、原子散乱因子のグラフをプロットします。
336 """
337 global xray_source
338
339 print("X-ray source:", xray_source)
340 wl = pfloat(xray_source, defval = None)
341 if wl is None or wl == 0.0:
342 wl = wavelength[xray_source]
343 else:
344 xray_source = wl
345 print(" wavelength: {} nm".format(wl))
346
347 print("CIF file: {}".format(ciffile))
348 print("single: {}".format(single))
349 print("findvalidstructure: {}".format(findvalidstructure))
350
351 print("")
352 print("Read [{}]".format(ciffile))
353
354# if not tkutils.IsFile(ciffile):
355# terminate("Error: Invalid ciffile [{}]".format(ciffile), usage = usage)
356 cif = tkCIF()
357 cif.debug = debug
358
359 cifdata = cif.ReadCIF(ciffile, find_valid_structure = findvalidstructure)
360 cif.Close()
361
362 if not cifdata:
363 terminate("Error: Could not get cifdat from ciffile [{}]".format(ciffile), usage = usage)
364
365 cry = cifdata.GetCrystal()
366# cry.PrintInf()
367
368 print("")
369 print("Crystal structure:")
370 a, b, c, alpha, beta, gamm = cry.LatticeParameters()
371 print("cell: {} {} {} A {} {} {}".format(a, b, c, alpha, beta, gamm))
372
373 print("")
374 print("Atom types:")
375 AtomTypes = cry.AtomTypeList()
376 for i in range(len(AtomTypes)):
377 t = AtomTypes[i]
378 typea = t.AtomType()
379 typeo = t.AtomTypeOnly()
380 charge = t.Charge()
381 AN = t.AtomicNumber()
382 M = t.AtomicMass()
383 print(" %3d: %4s (%2s) charge=%8.4f [Z=%3d M=%6.4f]" % (i, typea, typeo, charge, AN, M))
384 asfparams = t.ReadASFParameters(XraySource = wl)
385 print(" asf parameters: ", asfparams[0:10])
386 print(" ", asfparams[10:])
387
388 print("")
389 print("Expanded atom sites:")
390 AtomSites = cry.ExpandedAtomSiteList()
391 for atom in AtomSites:
392 label = atom.Label()
393 atomname = atom.AtomName()
394 atomname0 = atom.AtomNameOnly()
395 charge = atom.Charge()
396 pos = atom.Position()
397 occ = atom.Occupancy()
398 id = atom.IdAsymmetricAtomSite()
399 iAtomType = atom.iAtomType()
400 atomtype = atom.AtomType()
401 m = atom.Multiplicity()
402 print(" %3d: (iAtomType=%d) %5s: %4s charge=%6.3f (%6.3f, %6.3f, %6.3f) occ=%8.4f m=%d"
403 % (id, iAtomType, label, atomname, charge, pos[0], pos[1], pos[2], occ, m))
404
405 cal_Fhkl_single(cry, hkl, xray_source = 'CuKa1')
406
407
408def anom() -> None:
409 """
410 指定された原子の異常散乱因子スペクトルを計算し、グラフとして表示します。
411
412 グローバル変数 `target_atom`, `WLmin`, `WLmax`, `wl_value`, `scale` を使用します。
413 `tkAtomType` オブジェクトから異常散乱因子のデータを読み込み、
414 指定された波長範囲でスペクトルをプロットします。
415 特定の波長 `wl_value` における異常散乱因子の値も表示します。
416 """
417 global target_atom
418 global WLmin, WLmax
419
420 at = tkAtomType(target_atom)
421 typea = at.AtomType()
422 typeo = at.AtomTypeOnly()
423 charge = at.Charge()
424 Z = at.AtomicNumber()
425 M = at.AtomicMass()
426 print("Target atom:", target_atom)
427 print(" %4s (%2s) charge=%8.4f [Z=%3d M=%6.4f]" % (typea, typeo, charge, Z, M))
428
429 print("")
430 print("Anomalous scattering factor")
431 print("citation: http://skuld.bmsc.washington.edu/scatter/")
432
433 xE, xwl, yf1, yf2, dbpath = at.ReadAnomalousScatteringFactor()
434 print("DB path: ", dbpath)
435 if WLmin is None:
436 WLmin = 0.0
437 if WLmax is None:
438 WLmax = max(xwl)
439 print(" plot range: wavelength = {} to {} nm".format(WLmin, WLmax))
440
441 print("{:8}\t{:12}\t{:12}\t{:12}".format("E (eV)", "wl (nm)", "f1", "f2"))
442 idx0 = None
443 idx1 = None
444 for i in range(len(xE)):
445 if xwl[i] > WLmin:
446 idx0 = i
447 if xwl[i] < WLmax and idx1 is None:
448 idx1 = i
449 print("{:8.4f}\t{:12.6g}\t{:12.6g}\t{:12.6g}".format(xE[i], xwl[i], yf1[i], yf2[i]))
450
451 print("")
452 print(" plot index range: {} - {}".format(idx1, idx0))
453 xE = xE[idx1:idx0]
454 xwl = xwl[idx1:idx0]
455 yf1 = yf1[idx1:idx0]
456 yf2 = yf2[idx1:idx0]
457
458 print("")
459 f1, f2 = at.AnomalousScatteringFactor(wl_value)
460 print("anormalous scattering factor at wl = {:8.4g} nm = {:10.6g} + j{:10.6g}".format(wl_value, f1, f2))
461 print("")
462 print("Plot")
463
464#=============================
465# Plot graphs
466#=============================
467 fig = plt.figure(figsize = figuresize)
468
469 ax1 = fig.add_subplot(1, 2, 1)
470 ax2 = fig.add_subplot(1, 2, 2)
471
472 ax1.plot(xwl, yf1, label = target_atom, color = 'black', linewidth = 0.5)
473 if wl_value is not None:
474 ax1.plot([wl_value], [f1], linestyle = 'none', marker = 'o') #, markersize = 0.5)
475 ax2.plot(xwl, yf2, label = target_atom, color = 'black', linewidth = 0.5)
476 if wl_value is not None:
477 ax2.plot([wl_value], [f2], linestyle = 'none', marker = 'o') #, markersize = 0.5)
478
479 ax1.set_xlim([WLmin, WLmax])
480 ax1.set_ylim([min(yf1), max(yf1) * 1.1])
481 ax1.set_xlabel("Wavelength (nm)")
482 ax1.set_ylabel("f'")
483 ax1.set_title('real part of anomalous scattering factor')
484 ax2.set_xlim([WLmin, WLmax])
485 ax2.set_ylim([0.0, max(yf2) * 1.1])
486 ax2.set_xlabel("Wavelength (nm)")
487 ax2.set_ylabel("f''")
488 ax2.set_title('imaginary part of anomalous scattering factor')
489 ax1.legend()
490 ax2.legend()
491 if scale == 'log':
492 ax1.set_yscale('log')
493 ax2.set_yscale('log')
494
495 plt.tight_layout()
496
497 plt.pause(0.1)
498
499 print("")
500 print("Press ENTER to exit>>", end = '')
501 input()
502
503 terminate(usage = usage)
504
505def asf() -> None:
506 """
507 指定された原子の原子散乱因子（Atomic Scattering Factor, ASF）を計算し、グラフとして表示します。
508
509 グローバル変数 `target_atom`, `xray_source`, `smin`, `smax`, `ns`, `s_value`, `scale` を使用します。
510 `tkAtomType` オブジェクトから原子散乱因子のデータを読み込み、
511 指定された散乱ベクトル `s` の範囲で ASF を計算し、プロットします。
512 特定の `s_value` における ASF の値も表示します。
513 """
514 global target_atom
515 global xray_source, wavelength
516 global smin, smax, ns
517
518 print("X-ray source:", xray_source)
519 wl = pfloat(xray_source)
520 if wl is None or wl == 0.0:
521 wl = wavelength[xray_source]
522 else:
523 xray_source = wl
524 print(" wavelength: {} nm".format(wl))
525
526 print("")
527 print("Atomic form factor:")
528 sstep = (smax - smin) / (ns - 1)
529 print(" plot range: s = sin(Q) / wl = {} to {} at {} nm^-1 step, {} points".format(smin, smax, sstep, ns))
530
531 at = tkAtomType(target_atom)
532 typea = at.AtomType()
533 typeo = at.AtomTypeOnly()
534 charge = at.Charge()
535 Z = at.AtomicNumber()
536 M = at.AtomicMass()
537 print("Target atom:", target_atom)
538 print(" %4s (%2s) charge=%8.4f [Z=%3d M=%6.4f]" % (typea, typeo, charge, Z, M))
539 asf_params = at.ReadASFParameters(target_atom)
540 print(" ASF parameters:", asf_params)
541 print(" asf(s) at s={:8.4g} = {:10.6g}".format(s_value, at.asf(s_value)))
542
543 print("")
544 print("Calculate atomic form factor function f(s)")
545 xs = []
546 yfs = []
547 print("{:8}\t{:12}".format("s=sin(Q)/wl (nm^-1)", "f(s)"))
548 for i in range(ns):
549 s = smin + i * sstep
550 fs = at.asf(s)
551 xs.append(s)
552 yfs.append(fs)
553 print("{:8.4f}\t{:12.6g}".format(s, fs))
554
555 print("")
556 print("Plot")
557
558#=============================
559# Plot graphs
560#=============================
561 fig = plt.figure(figsize = figuresize)
562
563 ax1 = fig.add_subplot(1, 2, 1)
564
565 ax1.plot(xs, yfs, label = target_atom, color = 'black', linewidth = 0.5)
566 ax1.plot([s_value], [at.asf(s_value)], linestyle = 'none', marker = 'o')
567 ax1.set_xlim([smin, smax])
568 ax1.set_ylim([0.0, max(yfs) * 1.1])
569 ax1.set_xlabel("s = sin $\Theta / \lambda$ (nm$^{-1}$)")
570 ax1.set_ylabel("$f(s)$")
571 ax1.set_title('atomic form factor')
572 ax1.legend()
573 if scale == 'log':
574 ax1.set_yscale('log')
575 plt.tight_layout()
576
577 plt.pause(0.1)
578
579 print("")
580 print("Press ENTER to exit>>", end = '')
581 input()
582
583 terminate(usage = usage)
584
585def inf() -> None:
586 """
587 指定されたCIFファイルから結晶構造情報を読み込み、その詳細を標準出力に表示します。
588
589 グローバル変数 `ciffile`, `single`, `findvalidstructure` を使用します。
590 CIFファイルを読み込み、`tkCIF` オブジェクトと `tkCrystal` オブジェクトが提供する
591 `Print()` および `PrintInf()` メソッドを呼び出して、
592 読み込まれた結晶構造に関する詳細情報（格子パラメータ、原子の種類、原子サイトなど）を出力します。
593 """
594 global target_atom
595 global xray_source, wavelength
596 global smin, smax, ns
597
598 print("CIF file: {}".format(ciffile))
599 print("single: {}".format(single))
600 print("findvalidstructure: {}".format(findvalidstructure))
601
602 print("")
603 print("Read [{}]".format(ciffile))
604
605# if not tkutils.IsFile(ciffile):
606# terminate("Error: Invalid ciffile [{}]".format(ciffile), usage = usage)
607 cif = tkCIF()
608 cif.debug = debug
609
610 cifdata = cif.ReadCIF(ciffile, find_valid_structure = findvalidstructure)
611 cif.Close()
612
613 if not cifdata:
614 terminate("Error: Could not get cifdat from ciffile [{}]".format(ciffile), usage = usage)
615
616 print("")
617 print("==============================================")
618 print(" CIF inf")
619 print("==============================================")
620 cifdata.Print()
621 cry = cifdata.GetCrystal()
622 print("")
623 print("==============================================")
624 print(" Crystal inf")
625 print("==============================================")
626 cry.PrintInf()
627 print("")
628
629# d = cry.Density()
630# ad = cry.AtomDensity()
631
632 terminate(usage = usage)
633
634
635def main() -> None:
636 """
637 スクリプトのメインエントリポイント。コマンドライン引数に基づいて処理モードを選択し実行します。
638
639 `updatevars()` を呼び出してコマンドライン引数を解析し、
640 グローバル変数 `mode` に応じて `asf()`, `anom()`, `exec_Fhkl()`, `inf()` の
641 いずれかの関数を実行します。
642 無効なモードが指定された場合はエラーメッセージを表示し、終了します。
643 """
644 global mode
645 global xray_source, wavelength
646
647 updatevars()
648
649 print("")
650 print("=============== Atom informat, form factor, crystal structure factor ============")
651 print("")
652 print("mode: ", mode)
653
654 if mode == 'asf':
655 asf()
656 elif mode == 'anom':
657 anom()
658 elif mode == 'F':
659 exec_Fhkl()
660 elif mode == 'inf':
661 inf()
662 else:
663 terminate("Error: Invalide mode [{}]".format(mode), usage = usage)
664
665
666if __name__ == "__main__":
667 main()