read_car プログラム仕様

VASP.read_car.main(infile)[ソース]

指定されたCHGCARファイルを読み込み、そのタイトル、格子分割数、および特定の電荷密度を表示する。

概要:

read_chgcar 関数を利用してCHGCARファイルを解析し、主要な情報を標準出力に出力する。

詳細説明:

  1. read_chgcar 関数を呼び出して、CHGCARファイルから情報と電荷密度データを取得する。

  2. 取得した情報の中から、ファイルのタイトル、電荷密度の格子分割数 (NX, NY, NZ)、 そして、格子点 (ix=0, iy=0, iz=0) における電荷密度値の3点を表示する。

これは、ファイル読み込みが正しく行われたことを確認するための簡単なテストとしても機能する。

パラメータ:

infile -- str 読み込むCHGCARファイルのパス。

戻り値:

None 何も返さない。

VASP.read_car.read_chgcar(filename)[ソース]

VASPのCHGCARファイルを読み込み、ヘッダー情報と電荷密度データを抽出する。

概要:

指定されたCHGCARファイルから、構造に関するメタデータと3次元の電荷密度データを解析して返す。

詳細説明:

ファイルから以下の情報を順に読み込む: 1. タイトル行 2. スケール因子 (float) 3. 格子ベクトル (3x3行列、各行はfloat) 4. 原子種 (文字列のリスト) 5. 各原子種の原子数 (整数のリスト) 6. 座標の種類 ('Direct' または 'Cartesian' など) 7. 各原子の座標 (総原子数分の3次元ベクトル) 8. 格子分割数 (NX, NY, NZ; 3つの整数) 9. 電荷密度データ (NX * NY * NZ個のfloat値)

読み込んだ電荷密度データは、Fortran順にNumpy配列にリシェイプされた後、 Pythonのネストされたリスト P[ix][iy][iz] 形式に変換される。 データのサイズが想定と異なる場合はValueErrorを発生させる。

パラメータ:

filename -- str 読み込むCHGCARファイルのパス。

戻り値:

tuple - info (dict): CHGCARファイルのヘッダー情報を含む辞書。

主なキー: 'title', 'scale', 'lattice', 'atoms', 'numbers', 'coord_type', 'coords', 'grid'。

  • P (list): 電荷密度データを格納した3次元のネストされたリスト P[ix][iy][iz]。 各要素は浮動小数点数。