```markdown
# SmoothenDOS.pl Documentation

## 1. プログラムの動作
`SmoothenDOS.pl` は、指定されたディレクトリ内の DOS (Density of States) データを読み込み、単純移動平均法を用いて平滑化を行うプログラムです。平滑化されたデータは、エネルギーのシフトを考慮して新しい CSV ファイルに出力されます。また、平滑化の結果として得られるエネルギーの半分の値を計算し、サマリーファイルに出力します。

## 2. 必要な非標準ライブラリとインストールコマンドとインストール方法
このプログラムは、以下の非標準ライブラリを使用しています:
- `CSV`
- `Sci::Algorism`

これらのライブラリは、CPAN (Comprehensive Perl Archive Network) からインストールできます。インストールコマンドは以下の通りです:

```bash
cpan CSV
cpan Sci::Algorism
```

## 3. 必要な入力ファイル
プログラムは、指定されたディレクトリ内の `DOS/DOS-up.csv` という名前の CSV ファイルを入力として使用します。このファイルには、エネルギーと DOS のデータが含まれている必要があります。

## 4. 実行後に生成される出力ファイル
プログラムの実行後、以下の出力ファイルが生成されます:
- `Smoothed/<InputDir>-smoothened.csv`: 平滑化された DOS データを含む CSV ファイル。
- `Smoothed/Summary.csv`: 各ファイルのエネルギーの半分の値とその差を記録したサマリーファイル。

## 5. コマンドラインでの使用例 (Usage)
プログラムは、コマンドラインから以下のように実行します:

```bash
perl SmoothenDOS.pl <InputDir>
```

`<InputDir>` は、DOS データが含まれるディレクトリの名前です。この引数を省略した場合、デフォルトで `BaMn2P2-AFM-InterplaneFM` が使用されます。
```