# CreateMoleculeCIF.pl Documentation

## 1. プログラムの動作

`CreateMoleculeCIF.pl` は、指定された分子や金属、化合物の結晶情報ファイル (CIF) を生成する Perl スクリプトです。このスクリプトは、以下のような異なるタイプの CIF ファイルを生成します:

- 分子の CIF ファイル
- 金属の CIF ファイル (FCC, BCC, HCP, SC, Diamond 構造)
- AB 型化合物の CIF ファイル (NaCl, CsCl, NiAs, ZB, WZ 構造)

スクリプトは、指定された分子や金属、化合物のリストに基づいて、対応する CIF ファイルを生成します。

## 2. 必要な非標準ライブラリとインストールコマンドとインストール方法

このスクリプトは、以下の非標準 Perl モジュールを使用しています:

- `Crystal::Crystal`
- `Crystal::CIF`
- `Sci::ChemicalReaction`

これらのモジュールは、CPAN からインストールできるか、または特定のリポジトリから取得する必要があります。以下は、CPAN を使用してインストールするための一般的なコマンドです:

```bash
cpan install Crystal::Crystal
cpan install Crystal::CIF
cpan install Sci::ChemicalReaction
```

ただし、これらのモジュールが CPAN に存在しない場合は、提供元のドキュメントに従ってインストールしてください。

## 3. 必要な入力ファイル

- `{Structure}-Template.cif`: CIF ファイルのテンプレート。スクリプトはこのテンプレートを使用して、特定の構造に基づいた CIF ファイルを生成します。

## 4. 実行後に生成される出力ファイル

スクリプトの実行により、以下のような CIF ファイルが生成されます:

- `{Molecule}-molecule.cif`: 分子の CIF ファイル
- `{Metal}-FCC-metal.cif`, `{Metal}-BCC-metal.cif`, `{Metal}-HCP-metal.cif`, `{Metal}-SC-metal.cif`, `{Metal}-Diamond-metal.cif`: 金属の CIF ファイル
- `{AB}-NaCl-AB.cif`, `{AB}-CsCl-AB.cif`, `{AB}-NiAs-AB.cif`, `{AB}-ZB-AB.cif`, `{AB}-WZ-AB.cif`: AB 型化合物の CIF ファイル

## 5. コマンドラインでの使用例 (Usage)

スクリプトは、特定のコマンドライン引数を必要とせず、スクリプト内で定義された分子、金属、化合物のリストに基づいて動作します。スクリプトを実行するには、以下のようにします:

```bash
perl CreateMoleculeCIF.pl
```

このスクリプトは、スクリプト内で定義されたリストに基づいて CIF ファイルを生成します。リストを変更することで、生成される CIF ファイルをカスタマイズできます。