# ConvertLatticeForDensityFiles-V1.pl Documentation

## 1. プログラムの動作
`ConvertLatticeForDensityFiles-V1.pl`は、結晶構造ファイル（CIF形式）を読み込み、結晶の格子パラメータを変換し、変換後の結晶構造を新しいCIFファイルとして出力します。また、VASP形式の密度ファイルを読み込み、変換された格子に基づいて密度データを変換し、新しいVASPファイルとして出力します。プログラムは、結晶の対称性を考慮し、変換後の構造の対称性を評価します。

## 2. 必要な非標準ライブラリとインストールコマンドとインストール方法
このプログラムは以下の非標準Perlモジュールを使用しています。これらのモジュールはCPANからインストールできます。

- `Math::MatrixReal`
- `Crystal::CIF`
- `Crystal::Crystal`
- `Crystal::WIEN2k`
- `Crystal::VASP`
- `Sci::Algorism`

インストールコマンド例:
```bash
cpan Math::MatrixReal
cpan Crystal::CIF
cpan Crystal::Crystal
cpan Crystal::WIEN2k
cpan Crystal::VASP
cpan Sci::Algorism
```

## 3. 必要な入力ファイル
- CIF形式の結晶構造ファイル（例: `Si-final.cif`）
- VASP形式の密度ファイル（例: `PARCHG.0008.0001.HOMO.vasp`）

## 4. 実行後に生成される出力ファイル
- 変換されたCIFファイル（例: `Si-final-converted.cif`）
- 簡略化されたCIFファイル（例: `Si-final-simple.cif`）
- 対称化されたCIFファイル（例: `Si-final-Symmetrized.cif`）
- 変換されたVASPファイル（例: `PARCHG.0008.0001.HOMO-converted.vasp`）

## 5. コマンドラインでの使用例 (Usage)
プログラムはスクリプト内で直接ファイル名を指定しているため、コマンドライン引数を受け取るようには設計されていません。スクリプト内のファイル名を適宜変更して使用してください。

```bash
perl ConvertLatticeForDensityFiles-V1.pl
```

このスクリプトを実行する前に、スクリプト内の`$InputFile`および`$InputVASPFile`変数を適切なファイル名に変更してください。